Category Archives: Méthode/Method

To create a map for systematic review findings with R

I created a relative simple map for a systematic review to represent where the included studies have been performed. The ‘rworldmap’ package was perfect for me. However, in a more recent systematic review, we would combined countries or cities in the same map. Indeed, authors could analyse the data from an (inter)national survey or collect data in one or several cities. It was challenging for (a DIY in R like) me. Consequently, I share my R code with fake data.

Useful packages

library (rworldmap)
library (maps)
library (tidyverse)

Data preparation for countries related data
To identify the “ISO” for each countries included in the “rworldmap” packages.
There is 2 examples.

df_contries_freq <- data.frame(Country = c(
  "Argentina", "Australia", "Austria","Belarus", "Belgium", "Bulgaria", "Canada", "Chile", "Colombia", "Costa Rica", "Croatia","Cyprus", "Czech Rep.", "Denmark", "Dominican Rep.","Estonia", "Fiji", "Finland", "France","Georgia", "Germany", "Greece", "Hungary", "India", "Indonesia", "Iran", "Ireland", "Israel","Italy", "Japan", "Jordan", "Latvia", "Lithuania", "Luxembourg", "Malaysia", "Mexico", "Morocco","Netherlands", "New Zealand", "Norway", "Philippines", "Poland", "Portugal", "Romania", "Russia", "Saudi Arabia",
  "Slovakia", "Slovenia", "Solomon Islands", "South Africa", "South Korea", "Spain", "Sri Lanka", "Sweden", "Switzerland","Thailand", "Turkey", "Ukraine", "United Kingdom", "United States", "China"),
  Freq_countries = c( 1, 1, 1, 9, 1, 1, 7, 1, 1, 7, 1, 18, 1, 1, 1, 2, 1, 8, 1, 5, 3, 1, 1, 6, 1, 1, 4, 8, 1, 1, 11, 1, 11, 1, 13, 1, 1, 17, 1, 1, 3, 1, 7, 1, 1, 6, 3, 1, 4, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 16, 1, 3, 1, 4, 2 ))

df_contries_freq_iso <- left_join(df_contries_freq, iso, by =c("Country"))

df_contries_freq02 <- data.frame(Country = c("East Timor","Guam","Malta","Serbia","Singapore","United Arab Emirates","Vietnam"), Freq_countries = c(7,1,4,1,6,1,8), ISO3V10 = c("TLS","GUM","MLT","SRB","SGP","ARE","VNM"))

df_contries_freq_iso2 <- full_join(df_contries_freq_iso, df_contries_freq02, by =c("Country", "Freq_countries","ISO3V10"))

Data preparation for cities with “world.cities” data from “maps” package

plot_cities <- subset(world.cities, 
                     name %in% c("Beijing","Porto Alegre","Boston","Rotterdam","Tokyo","Bangkok", "Boston","Taipei","Seattle","Niamey","Maebashi","Tsukuba","Rochester","New York","Arnhem", "Groningen","Essen","Bochum","Mülhe", "Cambridge","Sydney","Shanghai","Phoenix","Tucson","Sacramento","Framingham","Minneapolis","New York","Pittsburgh","Paris","Montpellier","Marseille","Lille","Caen")
                     & country.etc %in% c("China","Brazil","USA","Netherlands","Japan","Thailand","USA","Taiwan","Niger","Japan","Japan","USA","USA","Netherlands","Netherlands","Germany","Germany","Germany","USA","Australia","China","USA","USA","USA","USA","USA","USA","USA","France","France", "France", "France", "France"))

To prepare the worldwide map without Antartica and with the Viridis palette (easier to read by those with colorblindness)

Map_for_review <- joinCountryData2Map(df_contries_freq_iso2, joinCode = "ISO3", nameJoinColumn = "ISO3V10")
Map_for_review <- subset(Map_for_review, continent != "Antarctica")

colourPalette <- viridis::viridis(7, direction = -1) #viridis palette

A <- mapCountryData(Map_for_review, nameColumnToPlot="Freq_countries", missingCountryCol = gray(.8), catMethod = "logFixedWidth", colourPalette = colourPalette, addLegend=FALSE)
points(plot_cities$long, plot_cities$lat, pch =  21, col = "black", bg="white", cex=1)
do.call( addMapLegend, c(A, legendWidth=0.5, legendMar = 8))

UPDATE : I also found another useful tutorial about harvest plots for systematic review

Forget the stages of change in physical activity promotion

We recently shared a preprint presenting a very original investigation. During my Phd, I developed an interest for the Transtheoretical model to promote physical activity. If this model was over-studied in US or UK, the French sport psychology academic community did not explore it.

We (with @aj_romain) performed a cross-cultural validation of Processes of change questionnaire. We quantified the efficacy of Transtheoretical (TTM) based interventions in an awesome and collective project (d = 0.31, 95% CI [0.24, 0.37]). Then, we explored the moderator effects of TTM theoretical constructs in a meta-analysis and concluded that “no significant differences were found between personalized TTM-based interventions based on SOCs and non-personalized TTM based interventions”. However, TTM-based interventions implementing self-efficacy, decisional balance and processes of change constructs were more effective. Finally, we published a state of art about TTM and physical activity (Is there something beyond stages of change in the transtheoretical model?). We suggested that the processes of change should be targeted in priority for future TTM based intervention, and used to personalize a future interventions by targeting POCs with the lowest pre-intervention levels.

Consequently, J. Lapointe, (highly motivated) Msc student, developed a reproducible POC personalized TTM-based intervention. This intervention combined online training sessions and counseling. All details are available here. It was a terrific challenge because most of previous TTM-based interventions were not presented with a relevant level of details.

A set of single case experimental studies with a multiple baseline ABA’ design were carried-out. Physical activity was measured with a GENEactiv accelerometer and an agenda. Furthermore, TTM online questionnaires were weekly sent to participants (only for A-B phases).

As you can see below, we could visually examine the temporal patterns of TTM constructs before and during a behavior change intervention. We also performed piecewise linear models to analyze the intervention effects on physical activity behaviors (i.e., accelerometer and self-reported data). Findings were relatively different for each outcome. 6/7 participants increased their self-reported physical activity level. However, device measured PA of 5 participants was not significantly higher during B and A2 phases. Finally, a minimum of targeted 3/5 processes of change increased among all participants during our intervention. Don’t hesitate to comment this work. There are an important set of methodological weaknesses/ future challenge. 

 

 

 

 

 

  • Lapointe, J., Comtois AS, Romain, A. J., & Bernard, P. (2022). The Transtheoretical model’s processes of change in the heart of a physical activity intervention : A series of n-of-1. PsyArXiv. https://doi.org/10.31234/osf.io/qxnsc

 

Comment ne pas rater sa revue de littérature systématique ?

Il y a quelques années, j’avais réalisé une présentation sur les enjeux méthodologiques des revues systématiques de la littérature. J’ai toujours des difficultés à retrouver les diapo et les documents associés dans mon ordinateur, alors j’en fais un article. Le contenu est toujours juste et les diapo résument les directives mais sont aussi émaillées de quelques conseils issus de ma participation à plusieurs projets de revues systématiques (1–4). J’avais utilisé le document de l’INESS très bien fait : Les normes de production des revues systématiques. Les exemples sont majoritairement issus des Sciences de l’activité physique et de mes travaux. Plus récemment, j’ai découvert le document réalisé par le Pr Madhukar Pai qui résume très bien les enjeux et étapes d’une revue systématique de qualité.

 

  • 1. Baillot A, Saunders S, Brunet J, Romain AJ, Trottier A, Bernard P. A systematic review and meta-analysis of the effect of exercise on psychosocial outcomes in adults with obesity: A call for more research. Mental Health and Physical Activity. 2018 Mar 1;14:1–10.
  • 2. Bernard P, Romain A-J, Caudroit J, Chevance G, Carayol M, Gourlan M, et al. Cognitive behavior therapy combined with exercise for adults with chronic diseases: Systematic review and meta-analysis. Health Psychol. 2018;37(5):433–50.
  • 3. Bernard P, Savard J, Steindorf K, Sweegers MG, Courneya KS, Newton RU, et al. Effects and moderators of exercise on sleep in adults with cancer: Individual patient data and aggregated meta-analyses. Journal of Psychosomatic Research. 2019 Sep;124:109746.
  • 4. Romain AJ, Bortolon C, Gourlan M, Carayol M, Decker E, Lareyre O, et al. Matched or nonmatched interventions based on the transtheoretical model to promote physical activity. A meta-analysis of randomized controlled trials. Journal of Sport and Health Science. 2018 Jan 1;7(1):50–7.

Que nous apprennent les études interventionnelles qui ciblent des communautés pour réduire les gaz à effet de serre?

Rien, cela n’existe pas.

Sur des questions de santé, comme sur des questions de changement climatique, les interventions peuvent cibler des individus, des foyers ou des communautés. Un groupe de chercheurs a réalisé une revue de littérature systématique afin d’identifier les interventions visant une communauté et dites multisectorielles [1].

Ce type d’intervention nécessite identifier l’ensemble des secteurs qui influencent la variable dépendante et d’identifier chaque «changements à réaliser » au niveau de chaque secteur (ex du tabac, lois, réglementations locales, formation des cliniciens, remboursement des traitements d’aide à l’arrêt…). La revue ciblait spécifiquement les communautés décrites comme « entité géopolitique plus grande qu’une ville » (exemple : quartiers, villages, villes), et uniquement les études expérimentales ayant comme variable dépendante : la consommation d’énergie rapportée ou mesurée objectivement. Malgré leurs efforts, aucune étude n’avait été identifié.

À quoi bon aborder cet article ?

Les auteurs rapportent avoir identifié des études interventionnelles communautaires mais celle-ci ne faisaient pas l’objet d’évaluations. Autrement dit, leur impact en termes d’émissions de gaz à effet de serre est inconnu.

Ils décrivent les solutions méthodologiques utilisables pour tester ce type d’intervention. Ils utilisent en termes d’illustration une étude de 1976 qui comparaient l’effet de différentes techniques de changement de comportement sur trois différentes familles afin de diminuer leur consommation d’électricité [2]. Le devis de l’étude était de type A-B-A. Cette étude suggère que fournir des rétroactions seules ou avec des récompenses permettait de diminuer temporairement la consommation d’électricité de deux familles sur trois. Ce type de devis d’études est aussi utilisé pour augmenter la fréquence de lumière éteinte dans les salles de cours d’université.

L’absence de résultats souligne le besoin criant de développer des interventions multisectorielles ciblant des communautés à fin de réduire leur empreinte carbone. Les devis de type devis expérimental a cas unique s’avèrent particulièrement adaptés dans ce cas.

Face à l’urgence climatique, il y a un urgent besoin de rassembler les spécialistes du changement de comportement, les décideurs, et les membres des communautés à fin d’infléchir drastiquement et durablement les émissions de gaz à effet de serre sur la base de données probantes.

1. Biglan A, Bonner AC, Johansson M, et al (2020) The State of Experimental Research on Community Interventions to Reduce Greenhouse Gas Emissions—A Systematic Review. Sustainability 12:7593. https://doi.org/10.3390/su12187593

2. Kohlenberg R, Phillips T, Proctor W (1976) A Behavioral Analysis of Peaking in Residential Electrical-Energy Consumers1. J Appl Behav Anal 9:13–18. https://doi.org/10.1901/jaba.1976.9-13

La gratuité dans les transports publics (2/2)

Dans la seconde partie de l’article, l’auteur (1) apporte des réponses à la question suivante : La gratuité des transports est-elle fiable économiquement, viable et juste socialement?

Économique.

Généralement, la gratuité des transports publics est perçue comme des coûts additionnels de maintenance, des problèmes de sécurité et une plus forte demande de passagers alors que les revenus issus des billets sont absents. Les résultats économiques de la gratuité des transports publics varient en fonction de l’échelle de réseaux mis en place. Plusieurs rapports économiques suggèrent que la gratuité des transports publics est une fausse bonne idée. Leurs auteurs alarment sur la dévaluation symbolique des transports associés à leur gratuité mais aussi à la possible augmentation du vandalisme. Cependant l’auteur de la revue affirme qu’il n’y a pas un niveau de preuve solide qui montre que la gratuité des transports publics affecte la capacité des transports publics de manière négative et significative.

Durabilité.

La gratuité des transports publics est en ligne avec le paradigme du développement des transports durables. Plusieurs études, menées en Europe, concluent que la réduction du nombre de voitures en ville et plus fortement associé à une augmentation des taxes sur l’essence, à une restriction du parking et de l’utilisation des routes qu’à une réduction du prix du billet de transport en commun. Les études qui examinent la quantité d’automobilistes qui utilisent les transports en public à la suite de la gratuité obtient des résultats contrastés. Ce sont généralement les piétons ou cyclistes qui adoptent les transport en commun. Ces résultats peuvent s’expliquer par le type de ville ou d’espace (urbain ou semi-urbain).

Justice sociale.

L’abolition des frais liés à l’utilisation des transports publics, est aussi envisagée comme un outil de réduction des inégalités sociales. Dans un des plus grands réseaux de transports publics gratuits du monde à Tallinn en Estonie, l’augmentation de l’utilisation des transports publics a été très marquée chez les personnes à faible revenu ou sans emploi. Ces résultats ont été reproduits aux États-Unis, en France ou au Danemark. De nombreuses associations à travers le monde considère les transports en public comme un bien commun qui devrait être accessible à tous de plus la gratuité des transports publics semble être associé à une amélioration des conditions de travail des conducteurs.

En conclusion, l’auteur souligne l’importante hétérogénéité des réseaux de transports publics gratuits, des échelles de ces réseaux, des justifications sociales, écologiques ou budgétaires. J’ai sollicité l’auteur afin de savoir si des études avaient exploré l’impact de la gratuité de ces transports sur les modes de transport actif ou l’activité physique. Mais selon lui il n’y a quasiment pas d’étude sur ce sujet, dommage.

Pour aller plus loin :

1. Kębłowski W. Why (not) abolish fares? Exploring the global geography of fare-free public transport. Transportation. 2019 Mar 11, https://doi.org/10.1007/s11116-019-09986-6