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Méthode/Method

Conseils pour des étudiants (et jeunes professeurs) qui démarrent en recherche 2/2

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Chercher par essai-erreur un fonctionnement efficace
– Fermer les réseaux sociaux/courriel/framateam/mode avion durant sessions de rédaction/lecture
– Prise de note manuelle sur cahier, sur article/livre, dans zotero,  ou logiciel/fichier spécial
– Sauvegarder en physique et en virtuel (si possible) (voir logiciel libre de copie miroir)

Participer au(x) débat(s)
– (re)lire les commentaires/lettre à l’éditeur publiées (meilleur exemple Health Psychology Review pour notre groupe par ex.)
– utiliser Hypothesis/email pour commenter/questionnier des preprints
– Commenter dans les blogues, journaux (de qualité)
– Sur les sujets sociétaux, aller plus loin que le quidam (e.g., cigarette électronique)
– Réseaux sociaux (de la mesure et de la parcimonie)
– Se former à l’expertise de manuscrit

Réflexions sur soi
– Quel étudiant.e je souhaite être/devenir ?
– Ce stage, cette maîtrise, ce PhD, je le fais pourquoi ?
– Ai-je un sens critique développé ?
– Ai-je des moments pour réfléchir ?
– Développer une curiosité intellectuelle ?
– Mon sujet de recherche dans la société ?
– Qu’est ce que tu vas retenir de ton travail ?

– Se rappeler que décrocher une bourse, c’est beaucoup de travail couplée à de la chance et un effet de mode du sujet

Coopération – entraide
– Apprendre à (mieux) proposer/demander de l’aide
– Parler aux étudiants de 1er année
– Toujours réfléchir à l’équilibre vie pro/perso
Horrobin 1968: “perhaps the most important thing for a student to realize is that while his teachers may differ from him in experience, with rare exceptions they will not differ in intelligence. They are not individuals to fear, but individuals to question and challenge”
Source: Ten Simple Rules for Lifelong Learning, According to Hamming

Comprendre comment la science contemporaine fonctionne
– La logique néfaste publish or perish
– Hiérarchie (implicite) des disciplines
– L’indice H: “ce n’est pas la taille qui compte”
– Facteur d’impact: bof bof
– Les métriques ne remplacent pas la lecture d’un papier pour avoir un avis sur le travail d’une personne
– Publier, c’est aussi se faire spamer
– Une science sur “projet” : comprendre les avantages et inconvénients

Outils libres
– Libreoffice = pourquoi perdre de l’argent avec Office ?
– Mozilla + quelques plugins = travail facilité et pas de publicité
– R pour les statistiques (cela pique au départ, mais un investissement long terme)

Enjeux actuels et futurs du groupe
Améliorer la reproductibilité
Partage des données
Soumettre des articles dans des revues en modèle diamant
Se projeter au niveau du type d’emploi / qualité de vie souhaitée

Méthode/Method

Conseils pour des étudiants (et jeunes professeurs) qui démarrent en recherche 1/2

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Ces dernières années, j’utilisais une liste de conseils, recommendations pour les étudiants qui étaient ou démarraient dans mon groupe de recherche. Ils sont issus de réflexions personnelles, d’essai-erreurs, de discussion avec des collègues, des étudiants aux profils variés et de constats au sein d’institutions qui ‘nourrissent’ des pratiques de recherche malsaines. Cette liste était aussi une réaction au nombreux témoignages d’autres étudiants qui décrivaient leur laboratoire, groupe de recherche, comme un lieu de compétition exacerbée. Elle débute par des points clés pour les superviseurs, les directeurs de laboratoire.

Un groupe de recherche en santé
Milieu de la recherche : favorise la “dépendance au travail” (“workaholics”), occurrence plus élevée d’harcèlement moral et sexuel, survalorise la réussite scolaire.
Plusieurs études sur la perception de la recherche par les personnes qui la vivent. Dans une enquête sur les des étudiants et professionnels de la recherche, 14% décrivaient leur laboratoire comme: “compétitif, stressant ou toxique”.

– Faire de l’équipe de recherche un endroit où les personnes se sentent bien et écoutées
– Laisser les personnes gérer leur emploi du temps
– Souligner les efforts et remercier les membres de l’équipe
– Diriger une équipe de recherche n’empêche pas de développer un esprit d’équipe et des relations “assez” horizontales
– Développer la collaboration dans l’équipe
– Chaque membre est unique
– Respecter les heures ouvertes de travail, vacances, fériés…
– Respecter les attributions d’auteurs
– Célébrer la réussite mais surtout présenter et discuter des échecs
– Développer les compétences de supervision et de gestion d’équipe par les membres
Source: Ten simple rules towards healthier research labs

Comment être un bon fainéant quand il est question de bibliographie ?
– Agrégateur de flux RSS (c’est un truc de vieux mais cela marche très bien)
  – Sur un seul ordinateur = logiciel (libre bien entendu)
     – Différents supports = service en ligne (pas trouvé de libre)
    – RSS > courriel des revues car facilite le moment “où tu fais de la biblio”
– Equations de recherche dans Pubmed (alerte courriel ou RSS)
– Sommaire des revues clés
– Toutes les revues n’ont pas de fil RSS, ou alors que sur les papiers publiés récemment mais aisément faisables
– La qualité de revues changent dans le temps en fonction des lignes éditoriales
– En santé publique/sciences humaines, trouver un équilibre US/Europe dans les sources

– Utiliser un système d’alerte citation des publications (intéressant de comprendre comment son travail est utilisé par les autres, ex. Research Gate)
– Trouver l’équilibre entre l’effet bulle/ouverture scientifique
– Blogues à suivre (truc de vieux mais riche d’information, surtout pour les méthodes, mais aussi un peu “vie académique”)
– Marques pages ORGANISES pour les ressources en ligne

– Réseaux sociaux (FB, LKD, ton meilleur et pire ami, alors que Mastodon…)
– Règles d’utilisation, profil académique ‘seulement’ ?
     – Ne pas oublier l’effet bulle
Tu trouves pas un papier : BU ou Sci-hub ou Library Genesis ou courriel à l’auteur

 

Méthode/Method

To create a map for systematic review findings with R

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I created a relative simple map for a systematic review to represent where the included studies have been performed. The ‘rworldmap’ package was perfect for me. However, in a more recent systematic review, we would combined countries or cities in the same map. Indeed, authors could analyse the data from an (inter)national survey or collect data in one or several cities. It was challenging for (a DIY in R like) me. Consequently, I share my R code with fake data.

Useful packages

library (rworldmap)
library (maps)
library (tidyverse)

Data preparation for countries related data
To identify the “ISO” for each countries included in the “rworldmap” packages.
There is 2 examples.

df_contries_freq <- data.frame(Country = c(
  "Argentina", "Australia", "Austria","Belarus", "Belgium", "Bulgaria", "Canada", "Chile", "Colombia", "Costa Rica", "Croatia","Cyprus", "Czech Rep.", "Denmark", "Dominican Rep.","Estonia", "Fiji", "Finland", "France","Georgia", "Germany", "Greece", "Hungary", "India", "Indonesia", "Iran", "Ireland", "Israel","Italy", "Japan", "Jordan", "Latvia", "Lithuania", "Luxembourg", "Malaysia", "Mexico", "Morocco","Netherlands", "New Zealand", "Norway", "Philippines", "Poland", "Portugal", "Romania", "Russia", "Saudi Arabia",
  "Slovakia", "Slovenia", "Solomon Islands", "South Africa", "South Korea", "Spain", "Sri Lanka", "Sweden", "Switzerland","Thailand", "Turkey", "Ukraine", "United Kingdom", "United States", "China"),
  Freq_countries = c( 1, 1, 1, 9, 1, 1, 7, 1, 1, 7, 1, 18, 1, 1, 1, 2, 1, 8, 1, 5, 3, 1, 1, 6, 1, 1, 4, 8, 1, 1, 11, 1, 11, 1, 13, 1, 1, 17, 1, 1, 3, 1, 7, 1, 1, 6, 3, 1, 4, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 16, 1, 3, 1, 4, 2 ))

df_contries_freq_iso <- left_join(df_contries_freq, iso, by =c("Country"))

df_contries_freq02 <- data.frame(Country = c("East Timor","Guam","Malta","Serbia","Singapore","United Arab Emirates","Vietnam"), Freq_countries = c(7,1,4,1,6,1,8), ISO3V10 = c("TLS","GUM","MLT","SRB","SGP","ARE","VNM"))

df_contries_freq_iso2 <- full_join(df_contries_freq_iso, df_contries_freq02, by =c("Country", "Freq_countries","ISO3V10"))

Data preparation for cities with “world.cities” data from “maps” package

plot_cities <- subset(world.cities, 
                     name %in% c("Beijing","Porto Alegre","Boston","Rotterdam","Tokyo","Bangkok", "Boston","Taipei","Seattle","Niamey","Maebashi","Tsukuba","Rochester","New York","Arnhem", "Groningen","Essen","Bochum","Mülhe", "Cambridge","Sydney","Shanghai","Phoenix","Tucson","Sacramento","Framingham","Minneapolis","New York","Pittsburgh","Paris","Montpellier","Marseille","Lille","Caen")
                     & country.etc %in% c("China","Brazil","USA","Netherlands","Japan","Thailand","USA","Taiwan","Niger","Japan","Japan","USA","USA","Netherlands","Netherlands","Germany","Germany","Germany","USA","Australia","China","USA","USA","USA","USA","USA","USA","USA","France","France", "France", "France", "France"))

To prepare the worldwide map without Antartica and with the Viridis palette (easier to read by those with colorblindness)

Map_for_review <- joinCountryData2Map(df_contries_freq_iso2, joinCode = "ISO3", nameJoinColumn = "ISO3V10")
Map_for_review <- subset(Map_for_review, continent != "Antarctica")

colourPalette <- viridis::viridis(7, direction = -1) #viridis palette

A <- mapCountryData(Map_for_review, nameColumnToPlot="Freq_countries", missingCountryCol = gray(.8), catMethod = "logFixedWidth", colourPalette = colourPalette, addLegend=FALSE)
points(plot_cities$long, plot_cities$lat, pch =  21, col = "black", bg="white", cex=1)
do.call( addMapLegend, c(A, legendWidth=0.5, legendMar = 8))

UPDATE : I also found another useful tutorial about harvest plots for systematic review

Activité physique/Physical activity, Méthode/Method, Psychologie/Psychology

Forget the stages of change in physical activity promotion

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We recently shared a preprint presenting a very original investigation. During my Phd, I developed an interest for the Transtheoretical model to promote physical activity. If this model was over-studied in US or UK, the French sport psychology academic community did not explore it.

We (with @aj_romain) performed a cross-cultural validation of Processes of change questionnaire. We quantified the efficacy of Transtheoretical (TTM) based interventions in an awesome and collective project (d = 0.31, 95% CI [0.24, 0.37]). Then, we explored the moderator effects of TTM theoretical constructs in a meta-analysis and concluded that “no significant differences were found between personalized TTM-based interventions based on SOCs and non-personalized TTM based interventions”. However, TTM-based interventions implementing self-efficacy, decisional balance and processes of change constructs were more effective. Finally, we published a state of art about TTM and physical activity (Is there something beyond stages of change in the transtheoretical model?). We suggested that the processes of change should be targeted in priority for future TTM based intervention, and used to personalize a future interventions by targeting POCs with the lowest pre-intervention levels.

Consequently, J. Lapointe, (highly motivated) Msc student, developed a reproducible POC personalized TTM-based intervention. This intervention combined online training sessions and counseling. All details are available here. It was a terrific challenge because most of previous TTM-based interventions were not presented with a relevant level of details.

A set of single case experimental studies with a multiple baseline ABA’ design were carried-out. Physical activity was measured with a GENEactiv accelerometer and an agenda. Furthermore, TTM online questionnaires were weekly sent to participants (only for A-B phases).

As you can see below, we could visually examine the temporal patterns of TTM constructs before and during a behavior change intervention. We also performed piecewise linear models to analyze the intervention effects on physical activity behaviors (i.e., accelerometer and self-reported data). Findings were relatively different for each outcome. 6/7 participants increased their self-reported physical activity level. However, device measured PA of 5 participants was not significantly higher during B and A2 phases. Finally, a minimum of targeted 3/5 processes of change increased among all participants during our intervention. Don’t hesitate to comment this work. There are an important set of methodological weaknesses/ future challenge. 

 

 

 

 

 

  • Lapointe, J., Comtois AS, Romain, A. J., & Bernard, P. (2022). The Transtheoretical model’s processes of change in the heart of a physical activity intervention : A series of n-of-1. PsyArXiv. https://doi.org/10.31234/osf.io/qxnsc

 

Méthode/Method, Santé/Health

Comment ne pas rater sa revue de littérature systématique ?

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Il y a quelques années, j’avais réalisé une présentation sur les enjeux méthodologiques des revues systématiques de la littérature. J’ai toujours des difficultés à retrouver les diapo et les documents associés dans mon ordinateur, alors j’en fais un article. Le contenu est toujours juste et les diapo résument les directives mais sont aussi émaillées de quelques conseils issus de ma participation à plusieurs projets de revues systématiques (1–4). J’avais utilisé le document de l’INESS très bien fait : Les normes de production des revues systématiques. Les exemples sont majoritairement issus des Sciences de l’activité physique et de mes travaux. Plus récemment, j’ai découvert le document réalisé par le Pr Madhukar Pai qui résume très bien les enjeux et étapes d’une revue systématique de qualité.

 

  • 1. Baillot A, Saunders S, Brunet J, Romain AJ, Trottier A, Bernard P. A systematic review and meta-analysis of the effect of exercise on psychosocial outcomes in adults with obesity: A call for more research. Mental Health and Physical Activity. 2018 Mar 1;14:1–10.
  • 2. Bernard P, Romain A-J, Caudroit J, Chevance G, Carayol M, Gourlan M, et al. Cognitive behavior therapy combined with exercise for adults with chronic diseases: Systematic review and meta-analysis. Health Psychol. 2018;37(5):433–50.
  • 3. Bernard P, Savard J, Steindorf K, Sweegers MG, Courneya KS, Newton RU, et al. Effects and moderators of exercise on sleep in adults with cancer: Individual patient data and aggregated meta-analyses. Journal of Psychosomatic Research. 2019 Sep;124:109746.
  • 4. Romain AJ, Bortolon C, Gourlan M, Carayol M, Decker E, Lareyre O, et al. Matched or nonmatched interventions based on the transtheoretical model to promote physical activity. A meta-analysis of randomized controlled trials. Journal of Sport and Health Science. 2018 Jan 1;7(1):50–7.