Category Archives: Méthode/Method

Méthode/Method, Siences et etc

Diamond journals for psychology, public health, sport, environmental sciences

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After reading this excellent position paper ‘Rethinking where and how we publish in health sciences’, there’s one quote that really stuck with me : 

Each published article not only contributes to the advancement of knowledge but also, implicitly endorses the journal itself, along with its specific publishing model and the publishing group that owns it.

Butler & Boisgontier also suggested an ethical and pragmatic approach for choosing an academic journal in health domain:

  1. priority for journals with a diamond access publishing model or requiring only minimal Article Processing Charges (APCs)
  2. journals supported by national organizations covering the APCs on behalf of authors, paying them directly to for-profit publishers (ex. Sleep Science)
  3. journals with not-for-profit entities (e.g., PloS Climate).
  4. journals owned by for-profit publishers.

By Jamie-farquharson – https://doi.org/10.6084/m9.figshare.21598179, CC BY 4.0, Link

As (almost) senior researcher, I should follow this approach. It is not always easy. There are a long set of systemic, symbolic, and personal barriers (see this excellent article of Scholarly Kitchen on ethical /systemic issues associated with diamond publication model).

xr:d:DAF7fTXd2JY:78,j:540852626297107906,t:24030501

With this blog post, I list a set of journals  with a diamond access publishing model for my current and future research projects. I focused on English publications. You can find other examples in French or Portuguese. It is not a complete list. You can find other journals on Scimago, DOAJ, Emarald,

Psychology

Europe’s Journal of Psychology

Clinical psychology

Environmental psychology

Social psychology

Social Psychological Bulletin

Environmental/climate sciences

Sport, nursing, health sciences

Multidisciplinary journals

Public health

Transport

Behavioral and psychosocial sciences

Sleep science

 

Activité Physique, Activité physique/Physical activity, Activités Physiques Adaptées, Changement climatique/Climate change, Méthode/Method, Psychologie/Psychology, Santé/Health

Changer les comportements et améliorer la santé mentale (pour une meilleure résilience climatique)

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Mon document d’habilitation à diriger des recherches est disponible en ligne. Soyons franc, l’exercice n’était pas des plus plaisant, mais les échanges lors de la défense orale étaient riches de réflexions.

Cet écrit résume une partie des projets réalisés par le passé sur les questions de santé mentale et d’activité physique, de l’intérêt des théories socio-cognitives pour la promotion de l’activité physique, et des enjeux méthodologiques liés au changement de comportement pour des adultes aux prises avec trouble de santé mentale.

L’enjeu principal pour cette section demeurait: trouver un fil rouge aux travaux précédents. Il a donc fallu faire des choix. Par exemple, je n’ai pas présenté une de mes études les plus pertinentes sur le plan théorique et méthodologique (1).

Par la suite, la transition de thématique de recherche vers les enjeux climatiques est étayée via les revues de littérature et les article de prises de position examinant la psychologie de la santé, l’activité physique, le sport, le sommeil dans un contexte d’urgence climatique.

Le document se termine sur une présentation des travaux scientifiques à venir sur les enjeux de changement de comportement, chaleur estivale, sommeil et qualité de l’air intérieure.

Côté motivation à la rédaction, c’était l’occasion pour moi de rédiger un long document en solo (2). Pour cela, j’ai souhaité tester la rédaction à 100% en markdown. Initialement, j’ai utilisé le service Stylo, mais (au moment de la rédaction), les exports de documents long type ‘thèse’ demeurait instables. J’ai donc ‘déménagé’ vers Zettlr, un logiciel libre qui tourne sur très bien avec un pandoc et Latex.

Puis, pour la l’oral, j’ai cherché un logiciel libre qui facile l’utilisation pour réutiliser du texte et des images rédigés en Markdown. Marpit répondait parfaitement à mes attentes.

Pour les curieux, la bande originale de la rédaction est même disponible. Globalement, ce blog (en ligne depuis 2009) a été un bon support pour penser la rédaction, retrouver des références ou textes traduits à l’époque.

  • 1. Kingsbury C, Bernard P. Dynamic Patterns of Personality States, Affect and Goal Pursuit Before and During an Exercise Intervention: A Series of N-of-1 Trials Combined with Ecological Momentary Assessments. Health Psychology Bulletin. 17 mai 2023;7(1):27‑43.
  • 2. Bernard P. Changer les comportements et améliorer la santé mentale (pour une meilleure résilience climatique). Université de rennes; 2025. Disponible sur: https://hal.science/tel-05273911
Méthode/Method

Conseils pour des étudiants (et jeunes professeurs) qui démarrent en recherche 2/2

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Chercher par essai-erreur un fonctionnement efficace
– Fermer les réseaux sociaux/courriel/framateam/mode avion durant sessions de rédaction/lecture
– Prise de note manuelle sur cahier, sur article/livre, dans zotero,  ou logiciel/fichier spécial
– Sauvegarder en physique et en virtuel (si possible) (voir logiciel libre de copie miroir)

Participer au(x) débat(s)
– (re)lire les commentaires/lettre à l’éditeur publiées (meilleur exemple Health Psychology Review pour notre groupe par ex.)
– utiliser Hypothesis/email pour commenter/questionnier des preprints
– Commenter dans les blogues, journaux (de qualité)
– Sur les sujets sociétaux, aller plus loin que le quidam (e.g., cigarette électronique)
– Réseaux sociaux (de la mesure et de la parcimonie)
– Se former à l’expertise de manuscrit

Réflexions sur soi
– Quel étudiant.e je souhaite être/devenir ?
– Ce stage, cette maîtrise, ce PhD, je le fais pourquoi ?
– Ai-je un sens critique développé ?
– Ai-je des moments pour réfléchir ?
– Développer une curiosité intellectuelle ?
– Mon sujet de recherche dans la société ?
– Qu’est ce que tu vas retenir de ton travail ?

– Se rappeler que décrocher une bourse, c’est beaucoup de travail couplée à de la chance et un effet de mode du sujet

Coopération – entraide
– Apprendre à (mieux) proposer/demander de l’aide
– Parler aux étudiants de 1er année
– Toujours réfléchir à l’équilibre vie pro/perso
Horrobin 1968: “perhaps the most important thing for a student to realize is that while his teachers may differ from him in experience, with rare exceptions they will not differ in intelligence. They are not individuals to fear, but individuals to question and challenge”
Source: Ten Simple Rules for Lifelong Learning, According to Hamming

Comprendre comment la science contemporaine fonctionne
– La logique néfaste publish or perish
– Hiérarchie (implicite) des disciplines
– L’indice H: “ce n’est pas la taille qui compte”
– Facteur d’impact: bof bof
– Les métriques ne remplacent pas la lecture d’un papier pour avoir un avis sur le travail d’une personne
– Publier, c’est aussi se faire spamer
– Une science sur “projet” : comprendre les avantages et inconvénients

Outils libres
– Libreoffice = pourquoi perdre de l’argent avec Office ?
– Mozilla + quelques plugins = travail facilité et pas de publicité
– R pour les statistiques (cela pique au départ, mais un investissement long terme)

Enjeux actuels et futurs du groupe
Améliorer la reproductibilité
Partage des données
Soumettre des articles dans des revues en modèle diamant
Se projeter au niveau du type d’emploi / qualité de vie souhaitée

Méthode/Method

Conseils pour des étudiants (et jeunes professeurs) qui démarrent en recherche 1/2

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Ces dernières années, j’utilisais une liste de conseils, recommendations pour les étudiants qui étaient ou démarraient dans mon groupe de recherche. Ils sont issus de réflexions personnelles, d’essai-erreurs, de discussion avec des collègues, des étudiants aux profils variés et de constats au sein d’institutions qui ‘nourrissent’ des pratiques de recherche malsaines. Cette liste était aussi une réaction au nombreux témoignages d’autres étudiants qui décrivaient leur laboratoire, groupe de recherche, comme un lieu de compétition exacerbée. Elle débute par des points clés pour les superviseurs, les directeurs de laboratoire.

Un groupe de recherche en santé
Milieu de la recherche : favorise la “dépendance au travail” (“workaholics”), occurrence plus élevée d’harcèlement moral et sexuel, survalorise la réussite scolaire.
Plusieurs études sur la perception de la recherche par les personnes qui la vivent. Dans une enquête sur les des étudiants et professionnels de la recherche, 14% décrivaient leur laboratoire comme: “compétitif, stressant ou toxique”.

– Faire de l’équipe de recherche un endroit où les personnes se sentent bien et écoutées
– Laisser les personnes gérer leur emploi du temps
– Souligner les efforts et remercier les membres de l’équipe
– Diriger une équipe de recherche n’empêche pas de développer un esprit d’équipe et des relations “assez” horizontales
– Développer la collaboration dans l’équipe
– Chaque membre est unique
– Respecter les heures ouvertes de travail, vacances, fériés…
– Respecter les attributions d’auteurs
– Célébrer la réussite mais surtout présenter et discuter des échecs
– Développer les compétences de supervision et de gestion d’équipe par les membres
Source: Ten simple rules towards healthier research labs

Comment être un bon fainéant quand il est question de bibliographie ?
– Agrégateur de flux RSS (c’est un truc de vieux mais cela marche très bien)
  – Sur un seul ordinateur = logiciel (libre bien entendu)
     – Différents supports = service en ligne (pas trouvé de libre)
    – RSS > courriel des revues car facilite le moment “où tu fais de la biblio”
– Equations de recherche dans Pubmed (alerte courriel ou RSS)
– Sommaire des revues clés
– Toutes les revues n’ont pas de fil RSS, ou alors que sur les papiers publiés récemment mais aisément faisables
– La qualité de revues changent dans le temps en fonction des lignes éditoriales
– En santé publique/sciences humaines, trouver un équilibre US/Europe dans les sources

– Utiliser un système d’alerte citation des publications (intéressant de comprendre comment son travail est utilisé par les autres, ex. Research Gate)
– Trouver l’équilibre entre l’effet bulle/ouverture scientifique
– Blogues à suivre (truc de vieux mais riche d’information, surtout pour les méthodes, mais aussi un peu “vie académique”)
– Marques pages ORGANISES pour les ressources en ligne

– Réseaux sociaux (FB, LKD, ton meilleur et pire ami, alors que Mastodon…)
– Règles d’utilisation, profil académique ‘seulement’ ?
     – Ne pas oublier l’effet bulle
Tu trouves pas un papier : BU ou Sci-hub ou Library Genesis ou courriel à l’auteur

 

Méthode/Method

To create a map for systematic review findings with R

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I created a relative simple map for a systematic review to represent where the included studies have been performed. The ‘rworldmap’ package was perfect for me. However, in a more recent systematic review, we would combined countries or cities in the same map. Indeed, authors could analyse the data from an (inter)national survey or collect data in one or several cities. It was challenging for (a DIY in R like) me. Consequently, I share my R code with fake data.

Useful packages

library (rworldmap)
library (maps)
library (tidyverse)

Data preparation for countries related data
To identify the “ISO” for each countries included in the “rworldmap” packages.
There is 2 examples.

df_contries_freq <- data.frame(Country = c(
  "Argentina", "Australia", "Austria","Belarus", "Belgium", "Bulgaria", "Canada", "Chile", "Colombia", "Costa Rica", "Croatia","Cyprus", "Czech Rep.", "Denmark", "Dominican Rep.","Estonia", "Fiji", "Finland", "France","Georgia", "Germany", "Greece", "Hungary", "India", "Indonesia", "Iran", "Ireland", "Israel","Italy", "Japan", "Jordan", "Latvia", "Lithuania", "Luxembourg", "Malaysia", "Mexico", "Morocco","Netherlands", "New Zealand", "Norway", "Philippines", "Poland", "Portugal", "Romania", "Russia", "Saudi Arabia",
  "Slovakia", "Slovenia", "Solomon Islands", "South Africa", "South Korea", "Spain", "Sri Lanka", "Sweden", "Switzerland","Thailand", "Turkey", "Ukraine", "United Kingdom", "United States", "China"),
  Freq_countries = c( 1, 1, 1, 9, 1, 1, 7, 1, 1, 7, 1, 18, 1, 1, 1, 2, 1, 8, 1, 5, 3, 1, 1, 6, 1, 1, 4, 8, 1, 1, 11, 1, 11, 1, 13, 1, 1, 17, 1, 1, 3, 1, 7, 1, 1, 6, 3, 1, 4, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 16, 1, 3, 1, 4, 2 ))

df_contries_freq_iso <- left_join(df_contries_freq, iso, by =c("Country"))

df_contries_freq02 <- data.frame(Country = c("East Timor","Guam","Malta","Serbia","Singapore","United Arab Emirates","Vietnam"), Freq_countries = c(7,1,4,1,6,1,8), ISO3V10 = c("TLS","GUM","MLT","SRB","SGP","ARE","VNM"))

df_contries_freq_iso2 <- full_join(df_contries_freq_iso, df_contries_freq02, by =c("Country", "Freq_countries","ISO3V10"))

Data preparation for cities with “world.cities” data from “maps” package

plot_cities <- subset(world.cities, 
                     name %in% c("Beijing","Porto Alegre","Boston","Rotterdam","Tokyo","Bangkok", "Boston","Taipei","Seattle","Niamey","Maebashi","Tsukuba","Rochester","New York","Arnhem", "Groningen","Essen","Bochum","Mülhe", "Cambridge","Sydney","Shanghai","Phoenix","Tucson","Sacramento","Framingham","Minneapolis","New York","Pittsburgh","Paris","Montpellier","Marseille","Lille","Caen")
                     & country.etc %in% c("China","Brazil","USA","Netherlands","Japan","Thailand","USA","Taiwan","Niger","Japan","Japan","USA","USA","Netherlands","Netherlands","Germany","Germany","Germany","USA","Australia","China","USA","USA","USA","USA","USA","USA","USA","France","France", "France", "France", "France"))

To prepare the worldwide map without Antartica and with the Viridis palette (easier to read by those with colorblindness)

Map_for_review <- joinCountryData2Map(df_contries_freq_iso2, joinCode = "ISO3", nameJoinColumn = "ISO3V10")
Map_for_review <- subset(Map_for_review, continent != "Antarctica")

colourPalette <- viridis::viridis(7, direction = -1) #viridis palette

A <- mapCountryData(Map_for_review, nameColumnToPlot="Freq_countries", missingCountryCol = gray(.8), catMethod = "logFixedWidth", colourPalette = colourPalette, addLegend=FALSE)
points(plot_cities$long, plot_cities$lat, pch =  21, col = "black", bg="white", cex=1)
do.call( addMapLegend, c(A, legendWidth=0.5, legendMar = 8))

UPDATE : I also found another useful tutorial about harvest plots for systematic review